Entre los objetivos fundamentales de la FEMH están la promoción del estudio de la homeopatía, la edición de publicaciones (libros y revistas) de interés general para el mundo homeopático, ofrecer los medios y un espacio para la formación continuada de los médicos homeópatas y promover y llevar a cabo las acciones y gestiones necesarias para la regulación oficial de la práctica médica homeopática.
Entre las actividades desarrolladas por la FEMH destacan:
Representación del conjunto de las Asociaciones que la componen ante la sociedad española en general y ante las entidades públicas y privadas tanto españolas como europeas en particular.
Coordinación eficaz entre las diferentes Asociaciones que la integran, estableciendo criterios uniformes de comunicación y relación con la sociedad y a las entidades públicas y privadas españolas y europeas. Siempre con el objetivo de la defensa de la Medicina Homeopática, de los derechos e intereses los de los médicos asociados que la ejercen y de la libertad de las personas que eligen éste método terapéutico (Ley de Autonomía del Paciente).
Promoción de la formación, investigación, difusión y el desarrollo de la Medicina Homeopática Unicista, según el método desarrollado por el Dr. Samuel Christian Hahnemann.
Fomentar el debate sobre la problemática inherente a la práctica profesional médica homeopática, señalando directrices para evitar y resolver conflictos.
Organización de Congresos Nacionales de Homeopatía, para la divulgación de los diversos trabajos y aportaciones de todos los compañeros, con vistas al aumento de nuestros conocimientos y el intercambio de avances, ideas y opiniones. Hasta 2016 la FEMH ha organizado los congresos de 2006, 2012 y 2016. A partir de 2018 participa en la organización desde la Asamblea Nacional de Homeopatía a la que pertenece como miembro desde 2006.