Dentro de los objetivos fundamentales de la FEMH siempre ha estado la formación. Prueba de ello es que fue la impulsora del Máster de Homeopatía de Sevilla en su Universidad del que se impartieron 5 ediciones entre 1995 y 2007. Este máster ha sido uno de los programas de formación homeopática más importantes en nuestro país.
Además, las asociaciones miembros de la federación, también han mostrado su interés en este objetivo promoviendo en sus sedes cursos de diferentes niveles y temáticas, impartidos por homeópatas de prestigio, que han sido el medio de reciclaje y formación continuada para los médicos que ya tenían experiencia.
En el año 2015 la Junta Directiva y el Comité Federal, conscientes del vacío existente en ese momento, crea la Comisión de Docencia para retomar esta área elaborando un nuevo programa, que se concreta en 2016 con la puesta en marcha de la plataforma de formación online de la FEMH. Esta modalidad se adopta con el fin de facilitar el acceso al conocimiento y el estudio de áreas concretas a los profesionales sanitarios, aunque el objetivo final es llegar a impartir un programa completo de capacitación en Homeopatía Clásica Unicista.
Actualmente, para una adecuada formación básica reglada en Homeopatía, la FEMH recomienda el Máster en Medicina Homeopática, organizado por la Academia Médico Homeopática de Barcelona, con una duración de dos años lectivos durante los que se ofrece una enseñanza de acuerdo al programa de docencia del Comité Europeo para la Homeopatía (ECH) con los criterios de enseñanza de la Homeopatía clásica.